淳安縣歷史悠久。在新石器時(shí)代就有人類活動。春秋屬吳、越，戰(zhàn)國屬楚，秦時(shí)為歙縣轄地。東漢建安十三年（208年），孫權(quán)遣威武中郎將賀齊擊山越，分歙縣東之葉鄉(xiāng)置始新縣，治所在今淳安縣威坪鎮(zhèn)南3.5公里水域。又分歙縣南之武強(qiáng)鄉(xiāng)置新定縣。治所在今淳安縣西南仙居村附近。此為淳安、遂安建縣之始。西晉太康元年（280年）改新定縣為遂安縣。隋開皇九年（589年）改始新縣為新安縣,并遂安、壽昌縣入新安縣。仁壽三年（603年），遂安縣從新安縣分出復(fù)立。唐武德四年（621年）遂安縣移治獅城（今淳安縣西千島湖五獅島）。隋大業(yè)三年（公元607年）改新安縣為雉山縣。唐文明元年（684年），復(fù)改雉山縣為新安縣。移治今淳安縣西。開元二十年（732年）改新安縣為還淳縣，永貞元年（805年），避憲宗李純名諱，改還淳縣為青溪縣。北宋宣和三年（1121年），改青溪縣為淳化縣。南宋紹興元年（1131年）改淳化縣為淳安縣。1958年10月，淳安、遂安兩縣合并為淳安縣，縣政府駐排嶺鎮(zhèn)。

三國吳置新都郡，以始新縣治為郡治。西晉太康元年（280年），易新都郡為新安郡，始新縣縣治仍為郡治。隋開皇九年（589年）廢郡置州，屬婺州。仁壽三年（603年）置睦州，縣為州治并屬之。北宋屬嚴(yán)州，南宋屬建德府。元時(shí)，淳安、遂安屬建德路；明、清屬嚴(yán)州府；民國元年（1912年）屬浙江省；3年（1914年）屬金華道；24年（1935年）屬第五行政督察區(qū)；后又多次變更，至1949年，淳安、遂安兩縣改隸第四行政督察區(qū)。1949年5月兩縣解放，初屬建德專署，1950年撤建德專署，改屬金華專署，1955年劃歸復(fù)設(shè)的建德專署。1958年撤建德專屬，淳安屬金華專屬。1963年，淳安縣劃屬杭州市。